Vào tháng 4 năm 1960, CIA bắt đầu tuyển mộ người Cuba lưu vong có tư tưởng chống Fidel tại khu vực Miami. Đến tháng 7 năm 1960, quá trình tuyển lựa và huấn luyện diễn ra tại Đảo Useppa và một số địa điểm khác tại Nam Florida, như Homestead AFB. Những cuộc huấn luyện về đánh du kích diễn ra tại Trại Gulick, Panama và Trại Clayton, Panama.[5][14] Sau khi tăng mức độ tuyển dụng, việc huấn luyện bộ binh được thực hiện tại một căn cứ của CIA có bí danh JMTrax gần Retalhuleu tại Sierra Madre trên bờ biển Thái Bình Dương của Guatemala.[9] Nhóm lưu vong tự gọi mình là Lữ đoàn 2506 (Brigada Asalto 2506).[15] Vào mùa hè năm 1960, một trường bay (có bí danh JMMadd, hay Căn cứ Rayo) được xây dựng gần Retalhuleu, Guatemala. Huấn luyện bắn súng và bay cho lực lượng bay của Lữ đoàn 2506 được những nhân viên đến từ Alabama ANG (Bảo vệ Hàng không Quốc gia) đảm nhiệm, đã sử dụng ít nhất là sáu chiếc Douglas B-26 Invader dán nhãn FAG (Fuerza Aérea Guatemalteca), những chiếc sẽ được bán hợp pháp cho FAG nhưng được hoãn 6 tháng. 26 chiếc B-26 khác lấy từ kho vũ khí của Hoa Kỳ, được 'làm sạch' tại 'Field Three' để xóa hoàn toàn xuất xứ, và khoảng 20 chiếc trong số đó được cải tạo cho chiến dịch tấn công bằng cách bỏ đi các quân trang phòng vệ, chuẩn hóa mũi tám súng, bổ sung buồng thả dưới cánh, khay tên lửa, v.v.[16][17] Việc huấn luyện lính nhảy dù được tiến hành ở căn cứ Garrapatenango, gần Quetzaltenango, Guatemala. Việc huấn luyện xử lý thuyền và đổ bộ diễn ra tại Đảo Vieques, Puerto Rico. Huấn luyện tăng diễn ra tại Trại Knox, Kentucky và Trại Benning, Georgia. Huấn luyện phá hoại và xâm nhập dưới nước diễn ra tại Belle Chase gần New Orleans.[12]

CIA đã sử dụng máy bay vận tải Douglas C-54 để gửi người, lương thực, và vũ khí bay từ Florida vào ban đêm. Những chiếc Curtiss C-46 cũng được dùng để vận tải giữa Retalhuleu và căn cứ của CIA có tên JMTide (hay Happy Valley), tại Puerto Cabezas, Nicaragua. Ngày 9 tháng 4 năm 1961, nhân sự, tàu bè, và máy bay của Lữ đoàn 2506 bắt đầu được chuyển từ Guatemala sang Puerto Cabezas, Nicaragua.[18]

Đầu năm 1961, quân đội Cuba sở hữu các loại vũ khí do Liên Xô thiết kế như xe tăng T-34 và IS-2 Stalin, SU-100 tự hành chống tăng, pháo bức kích 122 mm, các loại pháo và vũ khí hạng nhẹ khác, trong đó có cả pháo bức kích 105 mm của Ý. Không quân Cuba được trang bị các loại khí tài như máy bay ném bom hạng nhẹ Douglas B-26 Invader, chiến đấu cơ Hawker Sea Fury, và phản lực Lockheed T-33, tất cả đều là những thứ để lại từ Fuerza Aérea del Ejército de Cuba (FAEC), không quân Cuba dưới thời chính quyền Batista.[15]

Do đã tiên lượng được cuộc xâm nhập, Che Guevara đã nhấn mạnh tầm quan trọng của lược lượng dân quân vũ trang, nói rằng "mọi người dân Cuba phải là một đội quân du kích, mỗi một người Cuba phải học cách sử dụng súng và khi cần phải dùng chúng để bảo vệ đất nước."[19]